Для резервного копирования системы достаточно сохранить файловую структуру и базу данных; специального инструмента не предусмотрено.
БД выгружается штатным mysqldump. При резервировании файловой структуры тяжелую папку vendor можно не сохранять - она восстанавливается по composer.lock командой
composer install
Главное не потерять:
Чтобы потом восстановиться - просто переписываем файловую структуру на место и восстанавливаем БД.
При docker-инсталляции все данные и так вынесены из контейнеров наружу: достаточно сохранить папку инсталляции (db - файлы БД, files - сканы документов, config - конфиги). БД надежнее выгружать дампом:
docker exec -i "arms-arms-db-1" mysqldump -u arms-user -p arms > arms-backup.sql